深海荧光计包括通过透镜与激励滤光片光学连接的光源，与记录滤光片光学连接的样品池和记录系统，其中，光源是脉冲式的，记录系统是三通道式的，每一通道都包含一光电接收器，光电接收器与选通积分器连接，选通积分器的输出端与模数转换器相连，所述光电接收器中之一经缓冲放大器与模数转换器连接，所有的选通积分器都与测量选通脉冲整形器连接，模数转换器及测量选通脉冲整形器与控制装置连接，所述控制装置与显示装置连接。
深海荧光计在使用时，需要注意开机次序，以保护设备之间不受影响。深海荧光计开机顺序一般为先开氙灯，然后开仪器主机，后开跟仪器连接的计算机。如此操作的原因在于稳态氙灯是高压点亮，为了避免瞬问脉冲电流对周围设备造成影响，需要先开氙灯，等电流稳定后再打开周边的电脑等设备。
深海荧光计的工作原理是光源氙弧灯发出的光通过切光器使其变成断续之光以及激发光单色器变成单色光后，此光即为荧光物质的激发光，被测的荧光物质在激发光照射下所发出的荧光，经过单色器变成单色荧光后照射于测样品用的光电倍增管上，由其所发生的光电流经过放大器放大输至记录仪。
在用深海荧光计测定某些会引起荧光改变的微量物质时，常采用差示荧光法，可使荧光强度的读数差距拉大，使荧光强度的降低加大，从而提高方。
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